Το επιβατικό λιμάνι «ΑΠΟΣΤΟΛΟΣ ΠΑΥΛΟΣ» περικλείεται από την πόλη και μέχρι το 2002 αποτελούσε το κεντρικό σημείο αναφοράς των θαλάσσιων μεταφορών στην ευρύτερη περιοχή της Καβάλας.

Η ανάπτυξη της πόλης της Καβάλας κατέστησε αναγκαία την κατασκευή ενός νέου σύγχρονου λιμανιού το «Φίλιππος Β’», ανατολικά της πόλης (Νέα Καρβάλη), με άμεση σύνδεση στην Εγνατία οδό.

Ο λιμένας Κεραμωτής, είναι το πλησιέστερο σημείο στο νησί της Θάσου από όπου διακινείται ο κυριότερος όγκος επιβατών και εμπορευμάτων από και προς το νησί.

Ο λιμένας Ελευθερών βρίσκεται δυτικά της Καβάλας και εξυπηρετεί τη διακίνηση χύδην φορτίων, τον αλιευτικό στόλο και τον τουρισμό.